Secara default, Apache memisahkan file konfigurasinya menjadi 3 bagian, yakni httpd.conf, srm.conf dan access.conf. Namun semua binary program pada distribusi yang dicobakan (Slackware 7.0) menyatukannya dalam satu file yakni httpd.conf. File ini dibagi menjadi 3 bagian utama :
Berisi konfigurasi Apache secara umum, seperti berapa banyak user dapat mengakses pada saat yang bersamaan.
Konfigurasi utama yang tidak termasuk dalam virtual host. Bagian ini juga termasuk seting default untuk virtual host.
Konfigurasi untuk virtual host, yakni memanggil nomor IP dan DNS yang berbeda meskipun masih dalam satu administrasi oleh Apache.